Kate Rooney Mara dilahir dan dibesarkan di Bedford, New York. Beliau adalah anak perempuan kepada Timothy Christopher Mara dan Kathleen McNulty Mara (née Rooney).[3] Beliau adalah anak kedua daripada empat orang adik beradik, mempunyai seorang abang, Daniel; seorang adik perempuan, Patricia (dikenali secara profesional sebagai Rooney Mara, juga seorang pelakon); dan seorang adik lelaki, Conor. Bapa Mara berketurunan Ireland, Jerman dan Perancis Kanada manakala ibunya berketurunan Ireland dan Itali.[4]